Dopo aver minacciato (facendo successivamente marcia indietro) di lasciare il comitato tecnico-scientifico del Veneto, il professor Andrea Crisanti è di nuovo al centro di una polemica sulla gestione dell'emergenza coronavirus in Veneto. L'innesco lo hanno dato delle indiscrezioni di stampa che ipotizzavano in un prossimo futuro una riorganizzazione della sanità veneta. Una riorganizzazione che avrebbe investito anche il laboratorio di microbiologia di Padova, diretto proprio da Crisanti. Secondo queste indiscrezioni, il laboratorio di Crisanti non sarebbe più stato quello di riferimento ed il suo posto lo avrebbe preso il laboratorio di Treviso del dottor Roberto Rigoli. Una scelte, secondo Crisanti, che sarebbe stata dettata più da valutazioni politiche di fedeltà al presidente Luca Zaia che da oggettivi criteri meritocratici. Come spiegato anche da Giorgio Pasetto, candidato capolista di +Veneto in Europa alle prossime elezioni regionali: «Zaia sottrae all'uomo di scienza che ha salvato vite gli strumenti per poter continuare ad operare: per togliergli prestigio cerca di impedirgli di continuare a lavorare per la salute dei veneti. Spostare l'istituto di microbiologia da Padova a Treviso è un gesto punitivo degno del più bieco regime totalitario - ha detto Pesetto, insieme ai portavoce di +Europa Veneto Anna Lisa Nalin e Corrado Cortese - Chi non si allinea con il doge divenuto antidemocratico, viene punito e gettato nell'ombra».

Le indiscrezioni, però, sono state prontamente smentite. A PadovaOggi, il dottor Rigoli ha dichiarato: «A quanto mi è dato conoscere, il laboratorio di Padova rimarrà centro di riferimento regionale per la processazione dei tamponi. Il coordinamento dei 14 laboratori di microbiologia del Veneto è sempre stato, in realtà, in capo alla microbiologia di Treviso, da me retto anche in considerazione del mio incarico di vicepresidente nazionale delle microbiologie e del fatto che, durante l’emergenza Coronavirus, ho partecipato a tutte le oltre 140 riunioni quotidiane sul Covid-19 con il direttori generali della sanità veneta».
Ed intervistato durante una festa della Lega a Milano Marittima, anche il presidente regionale Luca Zaia ha smentito, dicendo che in Veneto non si cambiano i medici in base alla politica».