Gugerotti è prefetto del dicastero per le Chiese Orientali e dal 2001 è stato nunzio apostolico della Santa Sede in Georgia, Armenia, Azerbaijan, Bielorussia, Ucraina e Gran Bretagna
Come cardinale elesse diversi papi, ma rinunciò alla porpora per diventare vescovo di Verona. Riformò molto il clero cittadino e a più di 90 anni decise di dimettersi da vescovo per finire la sua vita in un monastero